11 marca 1999 roku rada gminy w Cieszkowie podjęła uchwałę w sprawie założenia gimnazjum w Cieszkowie. Uchwała określiła nazwę szkoły: Publiczne Gimnazjum w Cieszkowie i jej siedzibę: wydzieloną część budynku szkolnego przy ulicy Grunwaldzkiej 3. Do obwodu gimnazjum przypisano wszystkie miejscowości położone w gminie Cieszków. Rada Gminy nadała również nowej szkole statut ramowy. Uchwała miała zacząć obowiązywać od 1 września 1999r.

W kwietniu 1999 roku Wójt Gminy Cieszków Bogusław Sołtys oraz Zarząd Gminy powierzyli stanowisko dyrektora Gimnazjum mgr Bogusławie Mroczek. Nowy dyrektor miał za zadanie skompletować kadrę szkoły oraz stworzyć materialne i formalno- prawne podstawy do funkcjonowania placówki.

1 września 1999 r.  96  uczniów  klas  I  zgrupowanych  w  4  oddziałach  zainaugurowało   pierwszy  rok   szkolny w historii cieszkowskiego gimnazjum.

        Przez pierwsze   dwa  lata  gimnazjaliści  uczyli  się w pomieszczeniach wydzielonych z budynku Szkoły Podstawowej w Cieszkowie. Brakowało elementarnego wyposażenia, pomocy naukowych, lektur. Nie obyło się również bez typowych dla tego okresu napięć na linii gimnazjum – szkoła podstawowa. Dały o sobie znać podziały w Radzie Gminy i lokalnej społeczności.

        Jednocześnie Rada Gminy w Cieszkowie podjęła decyzję o rozpoczęciu budowy budynku z pomieszczeniami dla nowo utworzonej szkoły oraz nowoczesnej sali gimnastycznej. W drodze przetargu wyłoniono wykonawcę
- przedsiębiorstwo „Hydrobudowa 9” z Poznania. Już w grudniu 2000 roku rozpoczęły się roboty budowlane, które postępowały nadzwyczaj szybko i sprawnie. Kierownikiem budowy był mgr inż. Błażej Nowaczyk.

18 maja 2001 roku odbyła się uroczystość  wmurowania  kamienia  węgielnego z udziałem wielu znaczących gości,
a 3 września 2001 roku gimnazjaliści weszli do nowych pomieszczeń. Znacząco poprawiły się warunki funkcjonowania szkoły. We wrześniu gimnazjum otrzymało ufundowane przez Ministerstwo Edukacji Narodowej komputery MacIntosh, dokonano zakupu niezbędnych pomocy naukowych, wzbogacano księgozbiór. Rodziła się szkolna obrzędowość, intensywnie pracowano nad zagospodarowaniem czasu wolnego uczniom, co wyrażało się w organizacji wakacyjnych wyjazdów na zielone szkoły do Centrum Edukacji Ekologicznej „Salamandra” w Myśliborzu oraz rajdach rowerowych.

Istotnym wydarzeniem w życiu szkoły było oddanie do użytku sali gimnastycznej mającej w zamierzeniu służyć obu cieszkowskim szkołom oraz wszystkim mieszkańcom gminy. Stało się to w październiku 2002r.

W kwietniu 2000 r. Udało się też nawiązać partnerska współpracę z Wiprecht - Gmnasium w Groitzsch (Niemcy), co zaowocowało coroczną wymianą młodzieży i nauczycieli. W kwietniu 2003 r. w wyniku przeprowadzonego konkursu dyrektorem Gimnazjum ponownie została Bogusława Mroczek.

Przeprowadzone wiosną 2003 roku przez wizytator KO we Wrocławiu, Danutę Leśniewską, mierzenie jakości pracy szkoły wykazało, że w palcówce stworzono właściwe podwaliny pod jej dalszy rozwój.

Wiosną 2005 r. dzięki zaangażowaniu Wójta Gminy Cieszków, Ignacego Miecznikowskiego, udało się pomalować budynki obu szkół. Rozpoczęto też zagospodarowywanie terenu wokół szkoły poprzez budowę urządzeń sportowych oraz nasadzenia zieleni. Urządzono plac rekreacyjny z ławkami i pergolami.

W lipcu 2006 roku wyremontowano schody wejściowe do budynku szkoły. Gresowe płytki zastąpiono granitowymi stopniami.

4 września 2006 roku oddano do użytku multimedialne centrum informacji mieszczące się w bibliotece szkolnej. Jest ono wyposażone w 4 komputery z dostępem do Internetu oraz w laserowe urządzenie wielofunkcyjne (drukarka, kopiarka, skaner). Sprzęt został przekazany ze społecznego funduszu [jak na naklejce].

Ponadto gimnazjaliści otrzymali do dyspozycji 24 stanowiska do nauki języków obcych. Jej zakup w 2/3 sfinansowała rada rodziców, a 1/3 środków pochodziła z budżetu szkoły.

       W dniu 24 maja nadano naszej szkole imię Jana Pawła II. W uroczystość tej wzięło udział wielu zaproszonych gości między innymi:

– Ks. Biskup Stanisław Napierała – Ordynariusz Diecezji Kaliskiej,
– Ks. Andrzej Majewski – Rektor Kolegium Jezuitów,
– Ks. Leonard Wilczyński – Proboszcz parafii w Cieszkowie,
– Ks. Rafał Czmyr – Proboszcz parafii w Trzebicku,
– Pani Danuta Leśniewska – Dolnośląski Kurator Oświaty,
– Pan Piotr Lech – Starosta Powiatu Milickiego,
– Pan Ignacy Miecznikowski – Wójt Gminy Cieszków,
– Pan Zdzisław Załężny – Przewodniczący Rady Gminy Cieszków,
– Pan Marek Warkocz – Członek Zarządu Powiatu Milickiego,
– Pani Halina Niedbała – Dyrektor GCK w Cieszkowie,
– Panowie Radni Gminy Cieszków,
– Pan Krzysztof Grobelny – Dyrektor ZSP nr 3 w Krotoszynie,
– Pani Agata Bełza – Dyrektor SP w Cieszkowie,
– Pan Zbigniew Grzywacz – Dyrektor SP w Pakosławsku,
– Pani Alicja Fojt – Dyrektor Przedszkola w Cieszkowie,
– Pani Wanda Wiśniewska – Prezes BS w Miliczu,
– Pani Magdalena Pawlicka – Dyrektor oddziału BS w Cieszkowie,
– Pan Sławomir Strzelecki  – Przewodniczący Rodziców Rodziców,
– Pani Mirosława Król – Przew. Rady Rodziców I kadencji,
– Pani Halina Przeworska – Przew. Rady Rodziców II kadencji,
– Pan Zdzisław Musiał – Sekretarz Gminy Cieszków,
– Pani Regina Karpetta – Skarbnik Gminy Cieszków,
– Pani  Dominika Szczepanik – Prezes Tow. Przyj. Ziemi Cieszk.

Rodzice, poczty sztandarowe, obecni i byli nauczyciele i pracownicy szkoły.